Fue bajo el sello de Timely Comics, en los años cuarenta, cuando Kirby dibujaría los primeros bocetos de aquel singular personaje que enfrentaría a Adolf Hitler. Sí, ese personaje se llamaría Steve Rogers, mejor conocido como El Capitán America. El cómic tuvo un efecto profundo en los lectores, ya que abordaba a un superhéroe enfrentándose al Líder del Partido Nazi durante la Segunda Guerra Mundial. Claro que había algo que podía llamarse panfleto en favor de los americanos, pero servía como inspiración para que los jóvenes decidieran formar parte e ir a la guerra bajo el efecto que la lectura de los cómics había tenido en ellos.

Después, durante las siguientes dos décadas, Timely Comics cayó y se convirtió en un lejano recuerdo de las grandes aventuras que ofrecía durante la segunda guerra mundial. Tuvo que pasar un largo repertorio de malos guionistas y dibujantes deleznables para que, al punto de la quiebra, se juntaran dos genios: Stan Lee y Jack Kirby. Y aquí, en 1961, fue cuando el Universo Marvel cobró vida. De la mano y dibujos de Kirby se crearon los icónicos personajes que hoy son representados en el cine. Desde el Capitán America, Thor y Iron Man (prácticamente los fundadores de Los Vengadores) pasando por el diseño de los personajes menores como lo eran Nick Fury, La Bruja Escarlata (que ahora cuenta con su propia serie), Black Panther, entre otros. Jack, siguiendo su afición por la ciencia ficción, crearía en los cómics de Marvel distintas sagas. Tales son la "Saga de Galactus", "La Saga de los Inhumanos", "Este hombre, este monstruo", y otras tantas que dejarían una huella que no podrá ser jamás borrada de la historia de la cultura americana popular. 

En 1961, Lee y el artista Jack Kirby crearon Los Cuatro Fantásticos , sobre cuatro astronautas que obtienen superpoderes tras un incidente cósmico. La serie lo convirtió a él y a Atlas —ahora conocido como Marvel— en figuras clave del mundo del cómic. Un año después, Lee y el artista Steve Ditko crearon Spider-Man . Lee, Kirby y Ditko adoptaron un flujo de trabajo colaborativo que llegó a conocerse como "el método Marvel". Esta técnica proporcionó a los artistas mucha más participación en la trama de la historia y permitió a Marvel producir nuevo contenido a un ritmo vertiginoso. Los cómics se unieron a una lista de series cada vez más exitosas, entre las que también se encontraba El Increíble Hulk . Lee y Kirby añadieron otro ganador al grupo cuando crearonLos X-Men en 1963. Una característica distintiva de los héroes de cómic de Lee es que combinan poderes sobrehumanos con inseguridades y emociones humanas. Marvel continuó prosperando, y en 1972 Lee se convirtió en editor y director editorial del grupo.